Nessa época Porfirio Díaz estava tendo que se preocupar com a candidatura de Francisco Madero, capitalista liberal com plenas condições de removê-lo do poder e provocar mudanças genuínas nos rumos do país. Zapata fez alianças secretas com Madero.
Em 1910, as agitações finalmente decantaram na formação de bandos guerrilheiros. Zapata rapidamente assumiu um papel importante, tornando-se o general de um exército formado em Morelos (o Ejército Libertador del Sur, Exército Libertador do Sul).
Zapata foi parcialmente influenciado por um anarquista do norte do México, Ricardo Flores Magón. A influência de Magón em Zapata pode ser sentida no Plano de Ayala (novembro de 1911), e ainda mais no lema adotado pelos zapatistas: Reforma, Libertad, Justicia y Ley A introdução de Zapata ao anarquismo aconteceu por obra de um professor local, Otilio Montano, que expôs a Zapata os trabalhos de Peter Kropotkin e Flores Magón no mesmo período em que o futuro líder revolucionário estava observando e tomando parte nos conflitos dos pequenos agricultores pela terra.
Díaz foi derrubado por Madero em 1911, em grande parte devido as rebeliões promovidas pelos peões. Zapata liderava os camponeses do sul e Pancho Villa liderava-os no norte. Madero havia prometido a reforma agrária e eleições para presidente, contudo boa parte dessas promessas ficou no papel.
Insatisfeito com as atitudes de Madero e com a falta de apoio ao Plano de Ayala, Emiliano Zapata não pode suportar a indicação para governador de um simpatizante dos grandes proprietários, e mobilizou novamente seu exército de libertação.
Madero, preocupado, pediu a Zapata o desarmamento e desmobilização do exército. Ao que Zapata respondeu que se as pessoas não poderiam obter seus direitos então, armadas como estavam, não teriam qualquer chance quando estivessem desarmadas. Madero enviou diversos generais para tentar neutralizar Zapata, mas com pouco sucesso.
A reação dos camponeses a esse governante aumentou consideravelmente as forças armadas de Zapata, era assim que a história continuava.
