Madero foi logo destituído por Victoriano Huerta, um antigo general porfirista, que deu anistia a Díaz e controlou as frentes indígenas em luta pela reforma agrária. A reação dos camponeses a esse governante aumentou consideravelmente as forças armadas de Zapata, e também ajudou um novo grupo do norte: os villistas, comandados por Pancho Villa.
Os Villistas eram compostos em maioria por simpatizantes de Madero, o que fez hesistar Zapata ante a um encontro com Villa (que inclusive havia rejeitado a ideia do Plano de Ayala, quando em contato com um zapatista na prisão).
A oposição a Huerta se consolidou com a entrada em cena de Venustiano Carranza, que liderou uma facção constitucionalista (o Exército Constitucionalista) que se aliou tanto a Villa quanto a Zapata. As forças unidas dos três se mostraram suficientes para derrubar Huerta, em julho de 1914.
A seguir foi decidido que haveria uma convenção para escolha do novo presidente, à qual Zapata se negou comparecer, alegando que nenhum dos convocados havia sido eleito pelo povo. Os chefes do estado de Morelos enviaram uma delegação para apresentar o Plano de Ayala e acompanhar o desenvolvimento da convenção.
O Plano de Ayala foi uma proposta criada por Emiliano Zapata, que constituia na derrubada do governo de Madero e, um processo de reforma agrária que propunha a distribuição de 1/3 das terras de todos os latifundiários e a reorganização do ejido (uma porção de terra não cultivada e de uso público, também é considerada, em alguns casos, como propriedade do Estado ou dos municípios. Para o México, o ejido é uma propriedade rural de uso coletivo de grande importância na vida agrícola do país.).
Carranza se fez chefe do governo pouco depois, o que se afigurou como mais um abuso. Inicialmente Carranza obteve lealdade de Álvaro Obregón, um comandante militar que deveria conter as guerrilhas zapatistas e villistas. Os zapatistas mantiveram-se mobilizados, mas com sérios problemas internos após anos de batalhas.
O governo de Carranza chegou a ponto de oferecer uma recompensa pela cabeça de Zapata, com objetivo de fazer o instável exército zapatista trair seu líder e desencorajar outros chefes zapatistas. Porém, nenhum dos objetivos foi conquistado.
