Em 10 de abril de 1919 o general Jesús Guajardo convidou Zapata para um encontro, fingindo simpatizar com a causa zapatista. Quando Zapata o encontrou, entretanto, Guajardo disparou diversas vezes contra ele; a seguir, entregou o corpo do chefe revolucionário em troca da recompensa oferecida (na verdade, metade do que havia sido oferecido).
Após a morte de Emiliano Zapata, o Exército de Libertação do Sul começou a desintegrar-se, desaparecendo depois que uma rebelião comandada por Obregón depôs Carranza. As conquistas de Zapata no estado de Morelos foram aos poucos desaparecendo também. Poucos anos após a morte de Zapata, o presidente Lázaro Cárdenas finalmente conseguiu promover uma reforma agrária nacional no ano de 1934.
Mesmo com a morte de Emiliano Zapata, suas ideias seguiram vivas e inspiraram vários grupos políticos mexicanos de esquerda. O mais famoso dele foi o Exército Zapatista de Libertação Nacional (EZLN). Esta era uma organização militar formada por indígenas e camponeses, originária do sul do México, no estado de Chiapas.
Este movimento ficou famoso no mundo todo em 1º de janeiro de 1994 quando ocupou várias cidades mexicanas. Também exigiam do governo respeito aos indígenas, extinção do Tratado de Livre Comércio com Estados Unidos e Canadá, e fim da corrupção.
Igualmente, uma das bandeiras do EZLN era a reforma agrária, o mesmo ideal pelo qual havia lutado Emiliano Zapata e que inspirava estes guerrilheiros.
